宏基因組三代測(cè)序是指利用第三代測(cè)序技術(shù)對(duì)環(huán)境或生物樣本中的所有微生物的DNA進(jìn)行測(cè)序分析的過(guò)程。與第一代Sanger測(cè)序和第二代高通量測(cè)序(如Illumina、Ion Torrent等)相比，第三代測(cè)序技術(shù)具有讀長(zhǎng)更長(zhǎng)、無(wú)需PCR擴(kuò)增步驟等優(yōu)點(diǎn)，這使得它在宏基因組學(xué)研究中特別有用。

　　第三代測(cè)序技術(shù)

　　第三代測(cè)序技術(shù)主要包括PacBio(Pacific Biosciences)和Oxford Nanopore Technologies (ONT) 兩種。這些技術(shù)能夠提供從幾千到超過(guò)一百萬(wàn)堿基長(zhǎng)度不等的讀長(zhǎng)，這對(duì)于解析復(fù)雜的微生物群落結(jié)構(gòu)尤其重要。

　　PacBio：采用單分子實(shí)時(shí)(SMRT)測(cè)序技術(shù)，可以產(chǎn)生較長(zhǎng)的讀段，有助于跨越重復(fù)序列區(qū)域，提高基因組組裝的質(zhì)量。

　　Oxford Nanopore：基于納米孔測(cè)序技術(shù)，能夠直接讀取DNA分子，除了長(zhǎng)讀長(zhǎng)的優(yōu)勢(shì)外，還具備便攜性，能夠在更多不同的環(huán)境中使用。

　　宏基因組三代測(cè)序的應(yīng)用

　　微生物群落結(jié)構(gòu)分析：通過(guò)分析來(lái)自特定環(huán)境的所有微生物的DNA，了解其物種組成及相對(duì)豐度。

　　功能基因挖掘：識(shí)別新基因和新的生物合成途徑，有助于開發(fā)新的抗生素、酶和其他生物活性物質(zhì)。

　　病原體檢測(cè)：快速準(zhǔn)確地鑒定出混合樣品中的致病菌，對(duì)于臨床診斷和公共衛(wèi)生監(jiān)控至關(guān)重要。

　　抗性基因的研究：研究環(huán)境中抗生素抗性基因的分布及其傳播機(jī)制，對(duì)抗生素合理使用和控制抗藥性問(wèn)題具有重要意義。